O PAICV organiza-se a nível local, sectorial, regional e nacional.
A nível local os militantes estão organizados em Grupos de base, correspondentes aos locais de residência, sectores de actividade ou áreas relevantes da temática social, económica, cultural e ambiental, entre outras;
Os Sectores, correspondem aos Concelhos e as Estruturas Regionais às ilhas, incluindo os casos em que uma ilha contempla um único Concelho.
As eleições dos órgãos do Partido efetuam-se sempre por escrutínio secreto e o mandato de todos os órgãos electivos é de três anos, a contar da data da realização das eleições.
O Congresso é o órgão máximo do PAICV. Compete-lhe estabelecer as linhas gerais da política nacional do Partido, nomeadamente:
- Apreciar e definir as linhas de orientação política;
- Aprovar e modificar os Estatutos e a Declaração de Principios do Partido;
- Discutir e aprovar moções de estratégia;
- Eleger os órgãos nacionais do Partido.
O PAICV realizou o seu último Congresso nos dias 8, 9 e 10 de abril de 2022, logo a seguir à eleição do Presidente do Partido, Dr. Rui Semedo, pelo sistema de lista uninominal por sufrágio direto de todos os militantes.

